Jouni Sirén

Citado por

	Total	Desde 2017
Citas	1865	1461
Índice h	19	15
Índice i10	26	23

400

200

100

300

2008200920102011201220132014201520162017201820192020202120226 15 25 40 39 49 60 68 73 110 129 226 238 355 395

Acceso público

Ver todo

21 artículos

0 artículos

disponibles

no disponibles

Basado en requisitos de financiación

Coautores

Benedict PatenAssociate Professor; Associate Director, UC Santa Cruz Genomics Institute, University of CaliforniaDirección de correo verificada de ucsc.edu
Gonzalo NavarroUniversity of ChileDirección de correo verificada de dcc.uchile.cl
Veli MäkinenProfessor of Computer Science, University of HelsinkiDirección de correo verificada de helsinki.fi
Niko VälimäkiPostdoctoral researcher, University of HelsinkiDirección de correo verificada de cs.helsinki.fi
Erik GarrisonUniversity of Tennessee Health Science CenterDirección de correo verificada de uthsc.edu
Jordan M EizengaPostdoctoral Researcher, Genomics Institute, University of California Santa CruzDirección de correo verificada de ucsc.edu
Travis GagieAssociate Professor at Dalhousie UniversityDirección de correo verificada de dal.ca
Glenn HickeyArenaria Inc.Dirección de correo verificada de arenaria.ca
Jonas Andreas SibbesenCenter for Health Data Science, University of CopenhagenDirección de correo verificada de sund.ku.dk
Eric T. DawsonNVIDIADirección de correo verificada de nvidia.com
Richard DurbinDept of Genetics, University of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk
Simon J. PuglisiAssociate Professor, Department of Computer Science, University of HelsinkiDirección de correo verificada de cs.helsinki.fi
Xian ChangUC Santa Cruz Genomics InstituteDirección de correo verificada de ucsc.edu
Shilpa GargUniversity of CopenhagenDirección de correo verificada de bio.ku.dk
Giovanni ManziniUniversity of PisaDirección de correo verificada de unipi.it
Jean MonlongUC Santa Cruz Genomics Institute, University of California, Santa CruzDirección de correo verificada de mail.mcgill.ca
Michael F. Linindependent (mlin.net LLC)Dirección de correo verificada de mlin.net
Andrew CarrollGoogleDirección de correo verificada de google.com
Pi-Chuan ChangGoogleDirección de correo verificada de google.com
David HausslerScientific Director, UC Santa Cruz Genomics Institute, University of California, Santa CruzDirección de correo verificada de soe.ucsc.edu

Seguir

Jouni Sirén

UC Santa Cruz Genomics Institute

Dirección de correo verificada de ucsc.edu - Página principal

Algorithm engineering Bioinformatics Compressed data structures Data compression String algorithms


Título Ordenar por citas Ordenar por año Ordenar por título	Citado por Citado por	Año
Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference E Garrison, J Sirén, AM Novak, G Hickey, JM Eizenga, ET Dawson, ... Nature biotechnology 36 (9), 875-879, 2018	392	2018
Indexing graphs for path queries with applications in genome research J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 11 (2 …, 2014	227	2014
Storage and retrieval of highly repetitive sequence collections V Mäkinen, G Navarro, J Sirén, N Välimäki Journal of Computational Biology 17 (3), 281-308, 2010	220	2010
Genotyping structural variants in pangenome graphs using the vg toolkit G Hickey, D Heller, J Monlong, JA Sibbesen, J Sirén, J Eizenga, ... Genome biology 21 (1), 1-17, 2020	113	2020
Run-length compressed indexes are superior for highly repetitive sequence collections J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen, G Navarro String Processing and Information Retrieval, 164-175, 2008	91	2008
Pangenome graphs JM Eizenga, AM Novak, JA Sibbesen, S Heumos, A Ghaffaari, G Hickey, ... Annual review of genomics and human genetics 21, 139, 2020	89	2020
Indexing variation graphs J Sirén 2017 Proceedings of the ninteenth workshop on algorithm engineering and …, 2017	86	2017
Wheeler graphs: A framework for BWT-based data structures T Gagie, G Manzini, J Sirén Theoretical computer science 698, 67-78, 2017	85	2017
Storage and retrieval of individual genomes V Mäkinen, G Navarro, J Sirén, N Välimäki Annual International Conference on Research in Computational Molecular …, 2009	63	2009
Haplotype-aware graph indexes J Sirén, E Garrison, AM Novak, B Paten, R Durbin arXiv preprint arXiv:1805.03834, 2018	59	2018
Pangenomics enables genotyping of known structural variants in 5202 diverse genomes J Sirén, J Monlong, X Chang, AM Novak, JM Eizenga, C Markello, ... Science 374 (6574), abg8871, 2021	57*	2021
Compressed suffix arrays for massive data J Sirén International Symposium on String Processing and Information Retrieval, 63-74, 2009	57	2009
Fast in‐memory XPath search using compressed indexes D Arroyuelo, F Claude, S Maneth, V Mäkinen, G Navarro, K Nguyễn, ... Software: Practice and Experience 45 (3), 399-434, 2015	56	2015
Sampled longest common prefix array J Sirén Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 227-237, 2010	29	2010
Indexing finite language representation of population genotypes J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen Algorithms in Bioinformatics, 270-281, 2011	27	2011
Burrows-Wheeler transform for terabases J Sirén 2016 Data Compression Conference (DCC), 211-220, 2016	23	2016
Document listing on repetitive collections T Gagie, K Karhu, G Navarro, SJ Puglisi, J Sirén Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 107-119, 2013	23	2013
Document retrieval on repetitive string collections T Gagie, A Hartikainen, K Karhu, J Kärkkäinen, G Navarro, SJ Puglisi, ... Information Retrieval Journal 20 (3), 253-291, 2017	20	2017
Relative FM-indexes D Belazzougui, T Gagie, S Gog, G Manzini, J Sirén International Symposium on String Processing and Information Retrieval, 52-64, 2014	20	2014
Compressed full-text indexes for highly repetitive collections J Sirén Helsingin yliopisto, 2012	19	2012

El sistema no puede realizar la operación en estos momentos. Inténtalo de nuevo más tarde.

Artículos 1–20

Citas por año

Citas duplicadas

Citas combinadas

Añadir coautoresCoautores

Seguir

Citado por

Coautores