Jouni Sirén

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Coautores

Gonzalo NavarroUniversity of ChileDirección de correo verificada de dcc.uchile.cl
Veli MäkinenProfessor of Computer Science, University of HelsinkiDirección de correo verificada de helsinki.fi
Niko VälimäkiPostdoctoral researcher, University of HelsinkiDirección de correo verificada de cs.helsinki.fi
Benedict PatenAssociate Professor; Associate Director, UC Santa Cruz Genomics Institute, University of CaliforniaDirección de correo verificada de ucsc.edu
Erik GarrisonUniversity of Tennessee Health Science CenterDirección de correo verificada de uthsc.edu
Jordan M EizengaPostdoctoral Researcher, Genomics Institute, University of California Santa CruzDirección de correo verificada de ucsc.edu
Travis GagieAssociate Professor at Dalhousie UniversityDirección de correo verificada de dal.ca
Glenn HickeyArenaria Inc.Dirección de correo verificada de arenaria.ca
Simon J. PuglisiAssociate Professor, Department of Computer Science, University of HelsinkiDirección de correo verificada de cs.helsinki.fi
Eric T. DawsonNVIDIADirección de correo verificada de nvidia.com
Jonas Andreas SibbesenCenter for Health Data Science, University of CopenhagenDirección de correo verificada de sund.ku.dk
Richard DurbinDept of Genetics, University of CambridgeDirección de correo verificada de cam.ac.uk
Xian ChangUC Santa Cruz Genomics InstituteDirección de correo verificada de ucsc.edu
Shilpa GargUniversity of CopenhagenDirección de correo verificada de bio.ku.dk
William JonesUniversity of South DakotaDirección de correo verificada de usd.edu
Giovanni ManziniUniversity of PisaDirección de correo verificada de unipi.it
Jean MonlongUC Santa Cruz Genomics Institute, University of California, Santa CruzDirección de correo verificada de mail.mcgill.ca
Michael F. Linindependent (mlin.net LLC)Dirección de correo verificada de mlin.net
Juha KärkkäinenDepartment of Computer scienceDirección de correo verificada de cs.helsinki.fi
Kalle KarhuSenior Computer Vision Engineer, Varjo Technologies OyDirección de correo verificada de varjo.com

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Algorithm engineering Bioinformatics Compressed data structures Data compression String algorithms


Título Ordenar por citas Ordenar por año Ordenar por título	Citado por Citado por	Año
Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference E Garrison, J Sirén, AM Novak, G Hickey, JM Eizenga, ET Dawson, ... Nature biotechnology 36 (9), 875-879, 2018	326	2018
Storage and retrieval of highly repetitive sequence collections V Mäkinen, G Navarro, J Sirén, N Välimäki Journal of Computational Biology 17 (3), 281-308, 2010	208	2010
Indexing graphs for path queries with applications in genome research J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 11 (2 …, 2014	199	2014
Genotyping structural variants in pangenome graphs using the vg toolkit G Hickey, D Heller, J Monlong, JA Sibbesen, J Sirén, J Eizenga, ... Genome biology 21 (1), 1-17, 2020	89	2020
Run-length compressed indexes are superior for highly repetitive sequence collections J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen, G Navarro String Processing and Information Retrieval, 164-175, 2008	88	2008
Indexing variation graphs J Sirén 2017 Proceedings of the ninteenth workshop on algorithm engineering and …, 2017	77	2017
Wheeler graphs: A framework for BWT-based data structures T Gagie, G Manzini, J Sirén Theoretical computer science 698, 67-78, 2017	72	2017
Storage and retrieval of individual genomes V Mäkinen, G Navarro, J Sirén, N Välimäki Annual International Conference on Research in Computational Molecular …, 2009	64	2009
Fast in‐memory XPath search using compressed indexes D Arroyuelo, F Claude, S Maneth, V Mäkinen, G Navarro, K Nguyễn, ... Software: Practice and Experience 45 (3), 399-434, 2015	55	2015
Compressed suffix arrays for massive data J Sirén International Symposium on String Processing and Information Retrieval, 63-74, 2009	55	2009
Haplotype-aware graph indexes J Sirén, E Garrison, AM Novak, B Paten, R Durbin arXiv preprint arXiv:1805.03834, 2018	53	2018
Pangenome graphs JM Eizenga, AM Novak, JA Sibbesen, S Heumos, A Ghaffaari, G Hickey, ... Annual review of genomics and human genetics 21, 139-162, 2020	50	2020
Pangenomics enables genotyping of known structural variants in 5202 diverse genomes J Sirén, J Monlong, X Chang, AM Novak, JM Eizenga, C Markello, ... Science 374 (6574), abg8871, 2021	29*	2021
Sampled longest common prefix array J Sirén Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 227-237, 2010	29	2010
Indexing finite language representation of population genotypes J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen Algorithms in Bioinformatics, 270-281, 2011	27	2011
Burrows-Wheeler transform for terabases J Sirén 2016 Data Compression Conference (DCC), 211-220, 2016	23	2016
Document listing on repetitive collections T Gagie, K Karhu, G Navarro, SJ Puglisi, J Sirén Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 107-119, 2013	23	2013
Document retrieval on repetitive string collections T Gagie, A Hartikainen, K Karhu, J Kärkkäinen, G Navarro, SJ Puglisi, ... Information Retrieval Journal 20 (3), 253-291, 2017	20	2017
Relative FM-indexes D Belazzougui, T Gagie, S Gog, G Manzini, J Sirén International Symposium on String Processing and Information Retrieval, 52-64, 2014	19	2014
Compressed full-text indexes for highly repetitive collections J Sirén Helsingin yliopisto, 2012	19	2012

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