Martina Kutmon

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Chris EveloHead Department of Bioinformatics - BiGCaT, Maastricht University ORCID:0000-0002-5301-3142Dirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Egon WillighagenBiGCaT, NUTRIM, Maastricht University/NL, ORCID:0000-0001-7542-0286, https://social.edu.nl/@egonwDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Dr. Susan Steinbusch-CoortAssociate Professor, dept of Bionformatics-BiGCaT, NUTRIM, Maastricht University, NLDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Alexander R PicoGladstone InstitutesDirección de correo verificada de gladstone.ucsf.edu
Andra WaagmeesterMicelio bvbaDirección de correo verificada de micelio.be
Kristina HanspersGladstone InstitutesDirección de correo verificada de gladstone.ucsf.edu
Friederike EhrhartAssistant professor, Maastricht UniversityDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Lars EijssenMaastricht UniversityDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Anders RiuttaInstitute for Data Science and Biotechnology, Gladstone InstitutesDirección de correo verificada de andersriutta.com
Ryan A. MillerMaastricht UniversityDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Denise SlenterPhD candidate, Maastricht UniversityDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Elisa CirilloDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Anwesha Bohler (née Dutta)Program Manager, AmazonDirección de correo verificada de amazon.com
Marvin MartensPhD Candidate, Maastricht UniversityDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Thomas KelderCTO, EdgeLeap, The NetherlandsDirección de correo verificada de edgeleap.com
Michiel AdriaensAssistant Professor, Maastricht Centre for Systems Biology - MaCSBioDirección de correo verificada de maastrichtuniversity.nl
Samar Hayat Khan TareenHoffmann-La Roche LimitedDirección de correo verificada de roche.com
Bruce ConklinInvestigator Gladstone and Professor at UCSFDirección de correo verificada de gladstone.ucsf.edu
Sabine DaemenDirección de correo verificada de wustl.edu
Milka Sokolović, PhDDirector General, European Public Health AllianceDirección de correo verificada de epha.org

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Martina Kutmon

Assistant professor, Maastricht University, The Netherlands

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Bioinformatics Systems Biology Pathway Analysis Network Biology Data Visualization


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WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research DN Slenter, M Kutmon, K Hanspers, A Riutta, J Windsor, N Nunes, ... Nucleic acids research 46 (D1), D661-D667, 2018	826	2018
The BioPAX community standard for pathway data sharing E Demir, MP Cary, S Paley, K Fukuda, C Lemer, I Vastrik, G Wu, ... Nature biotechnology 28 (9), 935-942, 2010	773	2010
WikiPathways: building research communities on biological pathways T Kelder, MP Van Iersel, K Hanspers, M Kutmon, BR Conklin, CT Evelo, ... Nucleic acids research 40 (D1), D1301-D1307, 2012	615	2012
WikiPathways: connecting communities M Martens, A Ammar, A Riutta, A Waagmeester, DN Slenter, K Hanspers, ... Nucleic acids research 49 (D1), D613-D621, 2021	497	2021
WikiPathways: capturing the full diversity of pathway knowledge M Kutmon, A Riutta, N Nunes, K Hanspers, EL Willighagen, A Bohler, ... Nucleic acids research 44 (D1), D488-D494, 2016	477	2016
PathVisio 3: an extendable pathway analysis toolbox M Kutmon, MP van Iersel, A Bohler, T Kelder, N Nunes, AR Pico, CT Evelo PLoS computational biology 11 (2), e1004085, 2015	431	2015
Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort SM Hill, LM Heiser, T Cokelaer, M Unger, NK Nesser, DE Carlin, Y Zhang, ... Nature methods 13 (4), 310-318, 2016	231	2016
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models SM Keating, D Waltemath, M König, F Zhang, A Dräger, C Chaouiya, ... Molecular systems biology 16 (8), e9110, 2020	174	2020
CyTargetLinker: a cytoscape app to integrate regulatory interactions in network analysis M Kutmon, T Kelder, P Mandaviya, CTA Evelo, SL Coort PloS one 8 (12), e82160, 2013	143	2013
COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms M Ostaszewski, A Niarakis, A Mazein, I Kuperstein, R Phair, ... Molecular systems biology 17 (10), e10387, 2021	74	2021
A pathway approach to investigate the function and regulation of SREBPs S Daemen, M Kutmon, CT Evelo Genes & nutrition 8 (3), 289-300, 2013	72	2013
WikiPathways App for Cytoscape: Making biological pathways amenable to network analysis and visualization M Kutmon, S Lotia, CT Evelo, AR Pico F1000Research 3, 2014	66	2014
Using the semantic web for rapid integration of WikiPathways with other biological online data resources A Waagmeester, M Kutmon, A Riutta, R Miller, EL Willighagen, CT Evelo, ... PLoS computational biology 12 (6), e1004989, 2016	55	2016
From SNPs to pathways: Biological interpretation of type 2 diabetes (T2DM) genome wide association study (GWAS) results E Cirillo, M Kutmon, M Gonzalez Hernandez, T Hooimeijer, ME Adriaens, ... PloS one 13 (4), e0193515, 2018	49	2018
Reactome from a WikiPathways perspective A Bohler, G Wu, M Kutmon, LA Pradhana, SL Coort, K Hanspers, R Haw, ... PLoS computational biology 12 (5), e1004941, 2016	44	2016
Visualizing the regulatory role of Angiopoietin-like protein 8 (ANGPTL8) in glucose and lipid metabolic pathways A Siddiqa, E Cirillo, SHK Tareen, A Ali, M Kutmon, LMT Eijssen, J Ahmad, ... Genomics 109 (5-6), 408-418, 2017	34	2017
Pathway analysis of transcriptomic data shows immunometabolic effects of vitamin D AM Garcia, M Kutmon, L Eijssen, M Hewison, CT Evelo, SL Coort Journal of Molecular Endocrinology 60 (2), 95-108, 2018	33	2018
Integrative multiomics analysis of human atherosclerosis reveals a serum response factor‐driven network associated with intraplaque hemorrhage H Jin, P Goossens, P Juhasz, W Eijgelaar, M Manca, JMH Karel, ... Clinical and Translational Medicine 11 (6), e458, 2021	32	2021
CyTargetLinker app update: A flexible solution for network extension in Cytoscape M Kutmon, F Ehrhart, EL Willighagen, CT Evelo, SL Coort F1000Research 7, 2018	32	2018
The systems biology format converter N Rodriguez, JB Pettit, P Dalle Pezze, L Li, A Henry, MP van Iersel, ... BMC bioinformatics 17, 1-7, 2016	32	2016

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