Niko Välimäki

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Veli MäkinenProfessor of Computer Science, University of HelsinkiDirección de correo verificada de helsinki.fi
Kimmo PalinCancer Researcher, Research Program in Cancer Research, Univeristy of HelsinkiDirección de correo verificada de helsinki.fi
Jouni SirénUC Santa Cruz Genomics InstituteDirección de correo verificada de ucsc.edu
Esa PitkänenInstitute for Molecular Medicine Finland (FIMM)Dirección de correo verificada de helsinki.fi
Gonzalo NavarroUniversity of ChileDirección de correo verificada de dcc.uchile.cl
Outi KilpivaaraUniversity of Helsinki, Memorial Sloan-Kettering Cancer CenterDirección de correo verificada de helsinki.fi
Jussi TaipaleUniversity of Cambridge, Department of BiochemistryDirección de correo verificada de cam.ac.uk
Antti HonkelaProfessor, University of HelsinkiDirección de correo verificada de helsinki.fi
Wolfgang GerlachNetAppDirección de correo verificada de netapp.com
Leena SalmelaUniversity of HelsinkiDirección de correo verificada de cs.helsinki.fi
John A LeesEMBL-EBIDirección de correo verificada de ebi.ac.uk
Johannes FischerTU DortmundDirección de correo verificada de cs.tu-dortmund.de
Sebastian ManethProfessor für Informatik, Universität BremenDirección de correo verificada de uni-bremen.de
Susana LadraUniversity of A Coruña, Centro de investigación CITICDirección de correo verificada de udc.es
Kim NguyenAssistant Professor of Computer Science, Université Paris-Sud, FranceDirección de correo verificada de lri.fr
Diego ArroyueloDepartamento de Informática, Universidad Técnica Federico Santa MaríaDirección de correo verificada de inf.utfsm.cl
Sohan SethLead Data Scientist, University of EdinburghDirección de correo verificada de ed.ac.uk
Lu ChengDepartment of Computer Science, Aalto University, FinlandDirección de correo verificada de aalto.fi
Moshe LewensteinProfessor of Computer Science, Bar-Ilan UniversityDirección de correo verificada de cs.biu.ac.il
Travis GagieAssociate Professor at Dalhousie UniversityDirección de correo verificada de dal.ca

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Niko Välimäki

Postdoctoral researcher, University of Helsinki

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compressed data structures combinatorial algorithms for sequence analysis


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CTCF/cohesin-binding sites are frequently mutated in cancer R Katainen, K Dave, E Pitkänen, K Palin, T Kivioja, N Välimäki, AE Gylfe, ... Nature genetics 47 (7), 818-821, 2015	403	2015
Indexing graphs for path queries with applications in genome research J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 11 (2 …, 2014	239	2014
Storage and retrieval of highly repetitive sequence collections V Mäkinen, G Navarro, J Sirén, N Välimäki Journal of Computational Biology 17 (3), 281-308, 2010	220	2010
The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera V Ahola, R Lehtonen, P Somervuo, L Salmela, P Koskinen, P Rastas, ... Nature communications 5 (1), 4737, 2014	210	2014
Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes JA Lees, M Vehkala, N Välimäki, SR Harris, C Chewapreecha, ... Nature communications 7 (1), 12797, 2016	185	2016
Combined analysis of variation in core, accessory and regulatory genome regions provides a super-resolution view into the evolution of bacterial populations A McNally, Y Oren, D Kelly, B Pascoe, S Dunn, T Sreecharan, M Vehkala, ... PLoS genetics 12 (9), e1006280, 2016	174	2016
Genomic signatures of human and animal disease in the zoonotic pathogen Streptococcus suis LA Weinert, RR Chaudhuri, J Wang, SE Peters, J Corander, T Jombart, ... Nature communications 6 (1), 6740, 2015	134	2015
Global and regional dissemination and evolution of Burkholderia pseudomallei C Chewapreecha, MTG Holden, M Vehkala, N Välimäki, Z Yang, ... Nature microbiology 2 (4), 1-8, 2017	129	2017
Fast scaffolding with small independent mixed integer programs L Salmela, V Mäkinen, N Välimäki, J Ylinen, E Ukkonen Bioinformatics 27 (23), 3259-3265, 2011	94	2011
Whole-genome sequencing of growth hormone (GH)-secreting pituitary adenomas N Välimäki, H Demir, E Pitkänen, E Kaasinen, A Karppinen, L Kivipelto, ... The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism 100 (10), 3918-3927, 2015	92	2015
Space-efficient algorithms for document retrieval N Välimäki, V Mäkinen Combinatorial Pattern Matching: 18th Annual Symposium, CPM 2007, London …, 2007	90	2007
Run-length compressed indexes are superior for highly repetitive sequence collections J Sirén, N Välimäki, V Mäkinen, G Navarro String Processing and Information Retrieval: 15th International Symposium …, 2009	87	2009
Frequent L1 retrotranspositions originating from TTC28 in colorectal cancer E Pitkänen, T Cajuso, R Katainen, E Kaasinen, N Välimäki, K Palin, ... Oncotarget 5 (3), 853, 2014	63	2014
Exome-wide somatic mutation characterization of small bowel adenocarcinoma UA Hänninen, R Katainen, T Tanskanen, RM Plaketti, R Laine, ... PLoS genetics 14 (3), e1007200, 2018	61	2018
Storage and retrieval of individual genomes V Mäkinen, G Navarro, J Sirén, N Välimäki Research in Computational Molecular Biology: 13th Annual International …, 2009	61	2009
Genetic predisposition to uterine leiomyoma is determined by loci for genitourinary development and genome stability N Välimäki, H Kuisma, A Pasanen, O Heikinheimo, J Sjöberg, R Bützow, ... Elife 7, e37110, 2018	56	2018
Fast in-memory XPath search using compressed indexes D Arroyuelo, F Claude, S Maneth, V Maakinen, G Navarro, K Nguyên, ... Data Engineering (ICDE), 2010 IEEE 26th International Conference on, 417-428, 2010	55*	2010
Retrotransposon insertions can initiate colorectal cancer and are associated with poor survival T Cajuso, P Sulo, T Tanskanen, R Katainen, A Taira, UA Hänninen, ... Nature Communications 10 (1), 4022, 2019	45	2019
Genetic and epigenetic characteristics of inflammatory bowel Disease–Associated colorectal cancer K Rajamäki, A Taira, R Katainen, N Välimäki, A Kuosmanen, RM Plaketti, ... Gastroenterology 161 (2), 592-607, 2021	44	2021
Approximate All-Pairs Suﬃx/Preﬁx Overlaps N Valimaki, S Ladra, V Makinen Combinatorial Pattern Matching: 21st Annual Symposium, CPM 2010, New York …, 2010	39*	2010

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